Sự đa dạng trong cấu trúc trong của ngành này cũng vượt xa ngành thực vật hạt trần. Các bó mạch của thân cây thuộc về dạng bàng hệ, điều đó có thể hiểu là các thành phần của thân gỗ (hay chất gỗ) và vỏ (hay li be) được xếp cạnh nhau trên cùng một đường tròn.

Trong nhóm lớn hơn là thực vật hai lá mầm thì chúng có các bó mạch trong các thân cây non được sắp xếp trong vòng gỗ mở, chia tách phần lõi xốp trung tâm với phần vỏ ngoài. Trong mỗi bó, chia tách bởi phần chất gỗ và phần li be, là một lớp mô phân sinh hay mô hình thành đang hoạt động, được biết dưới tên gọi tầng phát sinh gỗ; bằng sự hình thành của lớp phát sinh gỗ giữa các bó (tầng phát sinh gỗ trong bó) thì vòng gỗ hoàn hảo được tạo ra, và đều đặn tăng độ dày hàng năm do sự phát triển của chất gỗ ở bên trong và lớp li be ở bên ngoài. Li be mềm nhanh chóng bị tiêu tan, nhưng chất gỗ cứng thì vẫn còn và tạo thành kích thước lớn của thân cây và các cành đối với các cây thân gỗ lâu năm. Do các khác biệt trong đặc trưng của các thành phần được tạo ra vào đầu và cuối mùa nên nó được giới hạn theo mặt cắt ngang thành các vòng gỗ đồng tâm, mỗi vòng cho một mùa tăng trưởng - còn gọi là vòng gỗ hàng năm.

Trong nhóm nhỏ hơn là thực vật một lá mầm thì các bó mạch có nhiều hơn ở các thân cây non và phân tán qua các mô nền. Ngoài ra, chúng không chứa tầng phát sinh gỗ và kích thước thân cây khi đã hình thành chỉ tăng trưởng trong rất ít trường hợp.